学会设7个工作委员会、15个分会及13个专业委员会。

工作委员会：

中国环境科学学会学术工作委员会
中国环境科学学会科普工作委员会
中国环境科学学会环境教育工作委员会
中国环境科学学会科技与产业发展工作委员会
中国环境科学学会国际交流工作委员会
中国环境科学学会咨询评估工作委员会
中国环境科学学会组织工作委员会

　　分会：

中国环境科学学会环境物理学分会
中国环境科学学会环境化学分会
中国环境科学学会环境地学分会
中国环境科学学会环境生物学分会
中国环境科学学会环境医学与健康分会
中国环境科学学会环境管理分会
中国环境科学学会环境经济学分会
中国环境科学学会环境法学分会
中国环境科学学会水环境分会
中国环境科学学会大气环境分会
中国环境科学学会固体废物分会
中国环境科学学会环境工程分会
中国环境科学学会生态与自然保护分会
中国环境科学学会国防环境分会
中国环境科学学会室内环境与健康分会

　　专业委员会：

中国环境科学学会环境影响评价专业委员会
中国环境科学学会环境监测专业委员会 
中国环境科学学会环境标准与基准专业委员会
中国环境科学学会海洋环境保护专业委员会 
中国环境科学学会生态农业专业委员会 
中国环境科学学会核安全与辐射环境安全专业委员会
中国环境科学学会绿色包装专业委员会
中国环境科学学会环境遥感与信息专业委员会
中国环境科学学会环境规划专业委员会
中国环境科学学会土壤与地下水环境专业委员会
中国环境科学学会持久性有机污染物专业委员会
中国环境科学学会清洁生产与循环经济专业委员会
中国环境科学学会机动车（船）污染防治专业委员会

　　秘书处：

办公室
学术交流部 （简称学术部）
《中国环境科学》编辑部
环境科普部 （简称科普部）
国际联络部 （简称国际部）
会员与网络部 （简称会员部）
技术咨询与推广部 （简称咨询部）
环境损害鉴定评估中心