为解决环境保护重大科技问题，促进环保高技术产业的发展，实现国家环境保护目标和可持续发展提供技术支持，环境保护部自1998年开始，按照环境保护事业发展需要和国家环保科技规划，有重点、有步骤地开展国家环境保护工程技术中心（以下简称“工程技术中心”）建设。截至2016年12月，环境保护部共建设了42家工程技术中心，涵盖了水、气、固废、土壤、噪声、监测、农村、生态、重点污染工业行业、技术管理与评估等主要污染防治领域和技术支持领域，为环境管理和污染治理提供了强有力的技术支撑，工程技术中心已成长为环保领域一支重要的技术和产业力量。

“十二五”期间，各工程技术中心在科技创新、技术转化、能力建设、管理服务、行业引领等方面做了大量富有成效的工作。总的来看，各工程技术中心承担国字头的环保科研课题258项，比“十一五”时期翻一番；授权发明专利933项，多项核心技术取得突破进展，国家及省部级奖项230项；技术转化总收入近378亿元，年均转化收入达到75亿元，半数以上中心“十二五”转化总收入突破了亿元大关；承担或参与各类环境保护标准、技术政策、工程规范编制任务近400项；编制《环境保护技术发展报告》三册；多家中心牵头组建了国家级的产学研战略联盟，举办技术交流培训活动1000余次；培养了一批工程技术人才及管理人才，为解决国家经济发展中的重大环境问题，推进生态文明建设和环境质量改善，促进经济与环境协调发展做出了重要贡献。

“十二五”期间，环境保护部组织有关力量，完成了《国家环境保护工程技术中心管理办法》（以下简称《办法》）的修订工作。新版《办法》已经于2015年底正式实施（环函 [2015]299号）。《办法》中最大的变化就是引入了退出机制。一方面，规定了中心名称使用有效期为6年，期满后自动退出或重新申报；另一方面，对于建成后的中心开展定期绩效评价。评价不合格的，责成其限期整改，整改再不符合要求的予以退出。意在通过此举督促中心更好地完成职责任务，提升为环境管理和污染治理市场服务的质量和水平。